Apie 1859 m. buvo sumanęs leisti istorijos paminklų fotografijomis iliustruotą periodinį leidinį, kuris būtų buvęs beveik pirmasis tokio pobūdžio leidinys Rusijoje. Šiam leidiniui jau buvo nufotografavęs Kijevo ir į šiaurę nuo jo esančio Černigovo vaizdų, tačiau dėl nežinomų priežasčių sumanymas žlugo. Šiuo laikotarpiu fotografas taip pat nemažai laiko praleido Liublino gubernijoje, lankėsi Varšuvoje. 1862 m. sugrįžo į Vitebską, įsteigė fotoateljė, ir ši veikė iki 1865 metų.
1865 m. J. Čechavičius atvyko į Vilnių, čia sulaukė pripažinimo ir šį miestą pamilo kaip savo gimtąjį. Gal todėl tapo reikšmingiausiu 19 a. miesto fotometraštininku ir žymiausiu to laiko Lietuvos fotomenininku. Vilniuje praleidęs visą likusį gyvenimą, fotografas sukūrė kelis šimtus Vilniaus ir miesto apylinkių nuotraukų. Savo darbuose fiksavo Vilniaus architektūrą ir apylinkes, Nemuno, Neries bei Vilnios upių pakrantes, fotografavo miesto panoramas, urbanistinį peizažą, architektūros ir istorijos paminklus, miesto permainas, renginius ir įvykius, paliko ir grafikos darbų nuotraukų. Jis taip pat padarė įspūdingų panoraminių nuotraukų, pirmasis iš Lietuvos fotografų pradėjo fotografuoti bažnyčių ir rūmų interjerus.
Savo pirmąją fotografijos ateljė Vilniuje jis įsirengė už Sluškų rūmų stovėjusiame Mamerto Renigerio dvarelyje, o apie 1867 m. tuometiniame Miesto sode Pilies kalno papėdėje pasistatė nuosavą fotografijos ateljė paviljoną.
Jau gyvendamas Vilniuje, norėdamas susipažinti su fotografijos meno padėtimi pasaulyje, kelis kartus lankėsi Berlyne ir Londone. Fotografo darbai buvo vertinami amžininkų, eksponuojami ir apdovanoti parodose. Pirmasis svarbus pripažinimas buvo didysis sidabro medalis 1872 m. Maskvoje Politechnikos parodoje. Vėliau savo darbus jis du kartus eksponavo Paryžiuje.
1876 m. XI Prancūzijos fotografų draugijos (pranc.La Société française de photographie) parodoje J. Čechavičiui buvo skirtas ketvirto laipsnio apdovanojimas – garbės paminėjimas. Po šios sėkmės jis pateikė prašymą priimti į vieną seniausių Europoje fotografijos draugijų ir tapo jos nariu. 1878 m. J. Čechavičiaus darbai buvo eksponuojami Paryžiuje vykusios Pasaulinės parodos Rusijos skyriuje. 1882 m. Rusijos pramonės ir meno parodoje Maskvoje už pastatų ir interjerų fotografijas jam buvo skirtas sidabro medalis.
J. Čechavičiaus kūrybinį palikimą sudaro per 220 Vilniaus, Kauno, Gardino, Chelmo, Liublino ir kitų vietovių nuotraukų bei šimtai asmenų portretų. Studijos užsienyje, veržimasis į pasaulį, kelionės po Rusiją ir į Vakarus, ryšiai su kitais fotografais, noras eksperimentuoti padėjo atsiskleisti ir suklestėti neeiliniam J. Čechavičiaus talentui. Vilnius turi būti dėkingas šiam žmogui, kad savo suformuluotą fotografo misiją – suteikti galimybę publikai akivaizdžiai pažinti istoriniu atžvilgiu žymias vietoves – jis vykdė čia.
J. Čechavičiaus nuotraukos yra svarbi Lietuvos XIX a. kultūrinio paveldo dalis ir reikšmingas Vilniaus istorijos ikonografijos šaltinis – būdamos didelės meninės vertės nuotraukos įgijo ir praeities liudininko reikšmę. Fotografas nuolatos tobulino savo meistriškumą – jo darbų kokybė ir meninis lygis nenusileidžia geriausiems to laikotarpio Europos fotografų darbams.
J. Čechavičiaus kūryba gerai žinoma ne tik specialistams. Jo nuotraukos dažnai naudojamos istorikų darbuose, jomis dažnai iliustruojami Vilniui skirti leidiniai. Leidykla „Baltos lankos“ 1995 metais išleido pirmąjį Lietuvoje vien jo kūrybai skirtą nuotraukų albumą „Czechowicz: XIX amžiaus Vilniaus vaizdai: iš Lietuvos fotografijos istorijos“.